Selagi Nabi Yunus berjuang melawan gelombang yang mengayun-ayunkannya, Allah mewahyukan kepada seekor ikan paus untuk menelannya bulat-bulat dan menyimpannya di dalam perut sebagai amanat Tuhan yang harus dikembalikannya utuh tidak tercedera kelak bila saatnya tiba.Nabi Yunus yang berada di dalam perut ikan paus yang membawanya memecah gelombang timbul dan tenggelam ke dasar laut merasa sesak dada dan bersedih hati seraya memohon ampun kepada Allah atas dosa dan tindakan yang salah yang dilakukannya tergesa-gesa. Ia berseru didalam kegelapan perut ikan paus itu: "Ya Tuhanku, sesungguhnya tiada Tuhan selain Engkau, Maha sucilah Engkau dan sesungguhnya aku telah berdosa dan menjadi salah seorang dari mereka yang zalim."

Setelah selesai menjalani hukuman Allah , selama beberapa waktu yang telah ditentukan, ditumpahkanlah Nabi Yunus oleh ikan paus itu yang mengandungnya dan dilemparkannya ke darat . Ia terlempar dari mulut ikan ke pantai dalam keadaan kurus lemah dan sakit. Akan tetapi Allah dengan rahmat-Nya menumbuhkan di tempat ia terdampar sebuah pohon labu yang dapat menaungi Yunus dengan daun-daunnya dan menikmati buahnya.Nabi Yunus setelah sembuh dan menjadi segar kembali diperintahkan oleh Allah agar pergi kembali mengunjungi Ninawa di mana seratus ribu lebih penduduknya mendamba-dambakan kedatangannya untuk memimpin mereka dan memberi tuntunan lebih lanjut untuk menyempurnakan iman dan aqidah mereka. Dan alangkah terkejutnya Nabi Yunus tatkala masuk Ninawa dan tidak melihat satu pun patung berhala berdiri. Sebaliknya ia menemui orang-orang yang dahulunya berkeras kepala menentangnya dan menolak ajarannya dan kini sudah menjadi orang-orang mukmin, soleh dan beribadah memuja-muji Allah s.w.t.

Pokok cerita tentang Yunus terurai di atas dikisahkan oleh Al-Quran dalam surah Yunus ayat 98, surah Al-Anbiaa' ayat 87, 88 dan surah Ash-Shaffaat ayat 139 sehingga ayat 148.